Bioinformatiikan ohjelmointikurssi Tentti 24.2.2005

1. Selitä mitä tekevät seuraavat koodin pätkät (joukossa yksi python-koodikin):
   
   a) while(<>) {print}
   
   b) s/^(\S+)\s(\[acgtACGT]+)/$2€1/e;
   
   c) use strict;
   my @list=(1,2,4,5,6);
   my @list2 = map {if($_%2){$_*2} else {$_}} @list;
   print "@list\n@list2";
   
   d) my %sample=( org=>"Homo Sapiens",weight=>"45",width=>"45");
   print keys %sample,"\n";
   print values %sample,"\n";
   my %revs=reverse %sample;
   print keys %revs,"\n";
   print values %revs,"\n";
   
   e) def funktio (x,y,z):
   return x+y-z
   print funktio(2,3,5)
   print funktio(z=2,y=3,x=5)
   
   f) sub funktio {
   my ($x,$y,$f)=@_;
   return &$f($x,$y);
   }
   my @operations=(sub {my ($a,$b)=@_;$a*$b}, sub {my($a,$b)=@_;$a+$b},
   sub {my ($a,$b)=@_;$a-$b});
   foreach my $oper (@operations) {
   print funktio(2,3,$oper),"\n";
   }
   
   
2. Tee aliohjelma, joka tuottaa DNA-sekvenssin käänteisen komplementin.
   
   
3. Tee ohjelma, joka lukee komentoriviparametrina annettujen PDB-tiedostonimiä vastaavista tiedostoista kolmikirjaimiset proteiinisekvenssit ja tuottaa vastaavat yksikirjaimiset proteiinisekvenssit. Formaatti on kuvattu liitteessä SEQRES.
   Voidaan olettaa, että valmiina on demoissakin usein esiintynyt three2one-aliohjelma, joka muuntaa kolmikirjaimisen aminohappokoodin yksikirjaimiseksi.